细胞质由于其本身太脆弱，以致生理学家至今不能很好地验证它的真正的生理功能。而从生物学的角度和细胞质中的各种物质来看，它具有以下几方面的重要作用。

（1）有管制外来物质进入细胞内或排出细胞外的作用。

（2）储藏细胞内含物。例如，蛋白质、脂肪粒、肝糖元、植物碱等多数集存在细胞质内。

（3）为维持细胞器实体的完整性，提供所需要的离子环境。

（4）支持细胞器行使功能。

（5）影响细胞的分化。例如在胚胎发育过程中，细胞质对于分化起着很重要的作用。

（6）进行某些生化活动，如上面提到的糖酵解、核酸、脂肪酸和氨基酸代谢的某个阶段，需要依靠细胞质中处于相对游离状态的酶来完成。